"Když chce Bůh, aby jeho vyvolení citelně zakusili svou ubohost", píše Terezie z Avily, "vezme jim nakrátko svou přízeň: a to stačí, aby se poznali". Stadium očišťování je přirozeným protipólem předchozí fáze. Po konfrontaci s "vyššími", "nadsmyslovými" rovinami vědomí a skutečnosti si jedinec nyní zvýšenou měrou uvědomuje svou vlastní omezenost a nedokonalost. Je to fáze sebepoznávání nebo ještě přesněji řečeno fáze konfrontace s vlastním stínem (ve smyslu Jungově). Je to "perioda tvrdého, namáhavého zápasu, hořkého utrpení, plná zklamání, ale také období snah o osobní nápravu. Mystik je nespokojen sám se sebou, trápí se minulými hříchy. Sv. Augustin vzpomíná na toto období ve svých "Vyznáních" takto: "Ty však, Pane,... postavil jsi mne před mou tvář, abych konečně spatřil, jak jsem byl ohyzdný, jak převrácený a pokálený, jak poskvrněný a vředů plný! A spatřiv to, zhrozil jsem se, a nevěděl jsem, kam utéci před sebou samým".

Začátečník, který právě vkročil na duchovní cestu, přináší si s sebou velké množství nevhodných návyků, předsudků, přináší si s sebou duchovní nezralost, jež se mu nyní stává překážkou dalšího pokroku. Po nadšení prvního stadia přichází vystřízlivění a zklamání. Budoucí mystik v tomto období nenachází již vzpruhu ve věcech duchovních, jak byl zvyklý. Objevuje se pocit prázdnoty, vyprahlost. Zároveň ale již není cesty zpět. Via purgativa, očistná cesta, staví před jedince úkol poznat vlastní nízkost a slabost. Mystik je konfrontován s vlastní pýchou, samolibostí, sebedůležitostí, žádostivostí a chtivostí, nestřídmostí, s vlastním strachem, hněvem, zármutkem i leností. Poznává se a uvědomuje si propast mezi sebou a Absolutnem. V této temné noci smyslů se má oprostit od jakéhokoli lpění, odpoutat se ode všech vazeb k pozemským věcem a zbavit se egoismu a sobectví v každé podobě.

Prostředkem k tomu je chudoba a odpoutání. Pozitivní stránka, odříkání či umrtvování, spočívá ve svobodném přijetí utrpení a bídy. Je třeba dodat, že duchovní chudoba neznamená nutně materiální nouzi. Chudoba je zde spíše duševní stav než hmotná skutečnost. Znamená vnitřní vyprázdnění, odpoutanost, zbavení se žádosti po věcech a lpění na nich. Odříkání znamená osvobození se z pout smyslů, zbavení se pýchy, sobectví a egocentrizmu.

Neopominutelným aspektem fáze očišťování je pasivita. Zkroušenost, zoufalství, ztráta naděje jsou duševní stavy, pro něž se subjekt sám nerozhoduje, nevybírá si čas ani okolnosti, kdy je bude prožívat a není ani v jeho silách ovlivnit délku jejich trvání. Soudě podle výpovědí jednotlivých mystiků odehrává se proces hluboké změny osobnosti z velké části zcela mimo vědomí a řídí se vlastními, na vědomí a vůli nezávislými zákonitostmi. Tento fakt komentuje Jan od Kříže podrobněji v knize "Temná noc": "Neboť takovým způsobem Bůh noří duši do tohoto stavu a na tak rozdílnou cestu ji vede", píše, "že ona, jestliže chce jednat podle svých schopností, spíš škodí, než pomáhá dílu, které v ní Bůh koná... je to už Bůh, který v duši jedná, proto jí spoutává mohutnosti nitra a neponechává jí berličku rozumu, ani osvěžení ve vůli, ani přemýšlení v paměti... Bůh mluví v duši, aby ji zduchovněl". "Pro ty, kteří rozpoznávají, že jsou v tomto stadiu, je vhodné," dodává mystický učitel, "aby se utěšili tím, že zůstanou v klidu a netrápili se; ať důvěřují Bohu, který neopouští ty, kdo ho hledají upřímným a prostým srdcem". Důvěra v Boží vedení je podle Jana od Kříže důležitým znakem odlišujícím stav temné noci smyslů od stavů chorobné melancholie. "...vyprahlost, ačkoliv někdy může být podporována melancholií nebo jinou povahovou vlastností (jak tomu mnohokrát je), neztrácí proto svůj očistný účinek na žádostivost, vždyť duše je zbavena všech radostí a má svou starost jen o Boha.

Subjekt dospívá k mravní čistotě, ke skromnějšímu a uctivějšímu postoji ke světu, k lásce k bližnímu, k trpělivosti, pokoře a "svaté lhostejnosti". Již "se nepovažuje za izolovaného a zajímavého jednotlivce, s osobními přáními a pudy, nýbrž za směšnou částečku kosmu, za docela obyčejný kousek vesmírného života, který má svůj význam, pouze jako část veškerenstva, jako výraz Boží vůle". Zbavený žádosti a lpění získává nové hodnoty a nová měřítka, zbavený sobectví počíná vidět věci takové, jaké jsou. Je nyní připraven na osvícení.